黄元才没能坚守下去，独山在次日就告失守。城中的清军从开战起，就一直被太平军的炮火死死压着。从安南回tiáo的远征军担负了攻城重任，他们装备清一sè的火铳，皆是从安南人手中缴获而来。在付出了六百多伤亡后，太平军炸开了独山城的城门。随着大队太平军涌入，独山城上的吴军旗帜很快被砍倒，取而代之的是太平军的大旗。
黄元才被俘虏，城中余下的两千多清军在城门失守后，放下兵器向太平军投降。
“卢都督，怎么处置这些俘虏！”
卢光祖的副将张月看着那些被一队队押出来的吴军俘虏很是感慨，两年前，就在此地，他目睹了镇将高进库的战死，他拼死带回了十一镇的军旗。虽然当初致使他十一镇全军覆没的是线国安，但他却将怒火发泄在了这些吴军身上，因为在他眼里，不管这些吴军有没有辫子，他们都是清军，一帮只会捡便宜的墙头草而已。真正的大明军队只有他们太平军，别的都不是。
“留着他们做什么，都杀了了事。”
话的是第四镇的镇将王有喜，江西绿营出身，广西巡抚邵九公的老部下。
“好咧！”
张月本就有意杀俘，听到王有喜这么，立时大声应了下，就要去下令处斩俘虏，卢光祖却喝道：“不能杀！”
王有喜皱眉看向卢光祖：“为何？”
卢光祖上前摇了摇头，道：“大帅过，汉人不杀汉人。”
王有喜冷笑一声：“这些人算什么汉人，从前都是清军，手上哪一个没有咱汉人的血。”
卢光祖听了这话，沉默片刻，开口道：“王将军，从前我们也是清军。”
闻言，王有喜一滞。
卢光祖劝道：“王将军，咱们打了这么多年仗，死的人够多了，这些人既已归降，何必还要处决他们？大帅一直，人口是咱们大明的最重要战略物资，少一个就得花上二十年时间才能重新成长一个，时间太漫长了。我们不能再如从前一般大肆杀俘了，这些人不如送到安南赵都督手下，用不了两年，便又是一支jīng兵啊。”
此时，后方的邵九公也派快马赶到，要卢光祖和王有喜对吴军方面放下武器的官兵不得屠戮，大军入贵州后更要安民抚民，不能破坏城镇，更要约束军纪，王有喜遂不再反对卢光祖的安排，吩咐部下将俘虏尽数送往广西，尔后再行安排。
独山这座入黔门户既下，卢光祖和王有喜立即率部向平浪、都匀进军，以期以最快的速度攻占贵阳，完成军帅府切断云贵同川陕联络的战略意图。